ASS.O.CERT.BIO ha istituto i seguenti Gruppi di lavoro su argomenti che richiedono particolari approfondimenti tecnici, consultazioni, indagini, ricerche:

• GL “Controllo e Certificazione”
• GL “Controlli rafforzati”
• GL “Provvedimenti e Sanzioni”
• GL “Normazione”
• GL “Informatizzazione”
• GL “Import da Paesi Terzi” 
• GL “Input e Mezzi tecnici”
• GL “Zootecnia”
• GL “Preparazione”